Filosoof René Descartes (*1596 La Haye en Touraine, +1650 Stockholm) was ‘in residence’ in Franeker in 1629. De Fransman had tien jaar gezworven door Europa, op zoek naar al wat nieuw en misschien ook waar was.
Voor rust en intellectuele gesprekken kwam hij terecht in het Sjaerdemaslot, waar nu het Sjûkelân is. In eerste instantie wilde hij graag met professor Adriaan Metius spreken over lenzen en kijkers. Dit contact betrof echter slechts een deel van de onderwerpen die zijn belangstelling hadden. De wiskundige kwam dagelijks in de Academie, volgde colleges, en ging in gesprek met studenten en docenten.
In deze tijd legde hij de grondvesten voor zijn filosofische theorieën die hij uiteenzette in zijn hoofdwerk Meditationes de prima philosophia (Meditaties over de eerste filosofie), aldus blijkt uit een brief aan zijn vriend Marin Mersenne in Parijs. Overigens duurde het jaren, voordat een boek van Descartes tot publicatie kwam. Voorafgaand aan de publicatie van het werk stuurde Descartes de tekst aan verschillende wetenschappers in Europa. De Meditaties werden uiteindelijk gepubliceerd, inclusief de bezwaren van deze wetenschappers en zijn antwoorden daarop.
Het was later juist de Academie van Franeker die openstond voor zijn ideeën. Via de Republiek der Letteren behield de bekende geleerde een relatie met de Academie.
Door de studie en colleges die haar vader en broer volgden aan de Academie kreeg Anna Maria van Schurman (*1607 Keulen, +1678 Wieuwerd) Franeker als woonplaats. Ze verbleef er twee jaar, van 1623 tot 1625, waarbij ze (waarschijnlijk) woonachtig was in het Martenahuis (Martenastins) en opbloeide in academische sfeer.
Het was tegelijk de tijd dat haar correspondentie met dichters en geleerden begon. De dichteres Anna Roemers Visscher had al over haar geschreven: 'o Jonge Bloem, Van wiens kennis dat ik roem'. Haar vader overleed in deze periode en werd begraven in de Martinikerk. Van Schurman groeide uit tot humanist, theoloog, letterkundige en kunstenaar.
In 1638 verscheen haar geschrift Dissertatio de Ingenii Muliebris ad Doctrinam & meliores Litteras aptitudine, waarin ze de geschiktheid van het vrouwelijk verstand voor wetenschap en schone letteren aantoont. Van Schurman was de eerste vrouw die werd toegelaten tot een Nederlandse universiteit, die van Utrecht. Zo was zij van huis uit bekend met Duits en Frans en zelfs met Latijn en Grieks, wat voor vrijwel iedereen en zeker een vrouw in die tijd zeer uitzonderlijk was. Daarnaast bestudeerde zij verschillende andere Europese talen, Hebreeuws, Aramees, Syrisch en Ethiopisch.
Van Schurman werd begraven bij de kerk van Wieuwerd, niet ver van Franeker. Niet toevallig is in Museum Martena een vaste tentoonstelling aan haar gewijd. Ook draagt een grote scholengemeenschap in de oude academiestad haar naam.
Balthasar Bekker (ook: Balthazar Becker) (*1634 Metslawier, +1698 Amsterdam) was van 1666 tot 1674 als predikant aan de Martinikerk van Franeker verbonden, waar hij eerder studeerde aan de Academie en rector van de Latijnse school was. Tijdens zijn predikantschap in deze stad zag hij een hoogleraarschap aan de Academie aan zich voorbijgaan. Zijn kritische houding, gecombineerd met een andere aanpak, maakte hem al vroeg tot een omstreden figuur.
Ondanks zijn verhuizing naar Loenen, Weesp en uiteindelijk Amsterdam, was hij vaak in Franeker en Friesland aanwezig. Zijn hoofdwerk schreef hij gedeeltelijk in Jelsum, waar hij later in de dorpskerk werd begraven. De eerste druk verscheen in het naburige Leeuwarden. Onmiddellijk daarop volgde de Amsterdamse uitgave met een oplage van 5.000 exemplaren, die in twee maanden was uitverkocht. Dit enorme werk, De Betoverde Weereld, verscheen tussen 1691 en 1694 en werd vertaald in het Frans, Engels en Duits. Het was gericht tegen (bij)geloof in heksen, boze geesten en duivels, en bleek een internationale bestseller. Het boek veroorzaakte veel opschudding en de synodes in Holland vroegen zelfs om een verbod.
De Britse historicus en hoogleraar in de Nederlandse geschiedenis Jonathan I. Israel zei in 2005 bij het verschijnen (in Franeker!) van de Nederlandse vertaling van zijn boek Radicale Verlichting: “Het is een heel bijzondere ervaring als je ziet hoe een predikant in Hamburg in 1694 stevig tekeer gaat tegen Bekker, en dat de astronoom Olaf Hiorter in Uppsala Bekkers boek De Betoverde Weereld in zijn boekenkast had staan […]. Bekkers boek was te vinden in bibliotheken in Parijs, Venetië, Florence, Leipzig, Kopenhagen, en tal van andere steden in heel Europa. Hij werd gelezen, bestreden én bijgevallen door grote filosofen als John Locke, Pierre Bayle, Voltaire en Leibniz.”
Eise Eisinga (1744-1828) vestigde zich in 1768 in Franeker, waar hij ook stierf. In 1787 werd hij om politieke redenen gedwongen in ballingschap te gaan. Pas in 1795 mocht hij terugkeren. Eisinga had een wolkammerij in Franeker, maakte tevens deel uit van het stadsbestuur en was ook curator en gastdocent bij de Academie. Later bewoog hij zich meer op provinciaal vlak en in 1818 mocht hij zelfs koning Willem I ontvangen.
Al op zestienjarige leeftijd schreef hij - autodidact - een boek over Aritmeetica of Rekenkonst, spoedig gevolgd door een geschrift over Grondbeginselen der Astronomie of Starre-loopkunde op een Theoretise wijse verhandelt (1762). Deze en andere boeken zijn echter handschriften gebleven, vooral bestemd voor persoonlijk gebruik.
Een aankondiging van het einde der tijden was voor hem aanleiding om het tegendeel te bewijzen. Men dacht namelijk dat door de samenstand van vier planeten de aarde uit haar baan zou vliegen. Zo bouwde hij tussen 1774 en 1781 in zijn woonhuis een planetarium. Het is het oudste nog werkende planetarium ter wereld en geniet ook in het buitenland grote bekendheid.